Samlingen på Nivaagaard var oprindelig privat og blev indsamlet af godsejer Johannes Hage (1842-1923). Hovedvægten er lagt på europæisk 15- og 1600-tals kunst, og man har således et rigt udvalg af malerier fra både renæssance og barok. Geografisk er samlingen koncentreret omkring Italien og nederlandene. Renæssancen er først og fremmest repræsenteret med værker af kunstnere som Giovanni Bellini, Lorenzo Lotto og Tizian samt Lucas Cranach og Pieter Breughel den Yngre.

Størstedelen af den udenlandske samling består af hollandsk 1600-tals kunst, hvor man finder mange eksempler på det dengang så nybrydende landskabsmaleri. Ud over den udenlandske samling finder man på Nivaagaard en fin lille samling af den så populære danske guldalderkunst. Der er malerier af alle de store som for eksempel C. W. Eckersberg og Wilhelm Marstrand.

Museet har til huse i et lille lysttempel og flere moderne udstillingsbygninger i forlængelse af den smukke herregård Nivaagaard, hvis park også er et besøg værd. I en af tilbygningerne finder man den tilknyttede cafe, som følger museets åbningstider.