Danmarks nationale bevidsthed fra 13.000 år før vores tidsregning og helt op til i dag er udstillet bag glas og ramme i prinsens palæ, oprindeligt opført til kronprinsen, der besteg tronen som Frederik V i 1746.

Den nye oldtid
Efter længere tids ombygning blev museets permanente udstilling "Danmarks Oldtid" i maj 2008 genåbnet i en splinterny version, som formidler den danske forhistorie kronologisk fra stenalder over bronze- og jernalder, til vikingetid.

Det er arkitekterne Schmidt, Hammer & Lassen, der har stået bag de nye rammer, som huser nogle af landets vigtigste nationalklenodier, blandt andet Solvognen, Egtvedpigen, det store sølvkar fra Gundestrup og nogle af vikingernes største skatte. Desuden kan kan møde en af udstillingens nye beboere: Huldremosekvinden, som døde under drabelige omstændigheder for omkring 2000 år siden.

Baggrund
Museet gennemgik en omfattende renovering i begyndelsen af halvfemserne, hvor man blandt andet overdækkede Løvegården, der i dag fungerer som museets forhal.

Med renoveringen fik man også peppet udstillingen op, så de i dag fremstår langt mere indbydende og moderne end tidligere.

Samlingerne, der blandt andet rummer klenodier som solvognen og kopierne af guldhornene, er meget omfattende, og det er umuligt at nå det hele bare nogenlunde ordentligt på en dag, og det tilrådes derfor at udvælge enkelte dele af museet.

Museet er delt op i følgende områder: Danmarks oldtid (13.000 f.kr.-1050 e.kr.), Danmarks middelalder og renæssance (1050-1660), Danmark Nyere Tid (1660 - 2000), Danmark 1700-tallet, Den Kgl. Mønt og Medaillesamling, Antiksamlingen, Etnografisk samling og endelig Børnenes Museum. Samlingen af eskimoiske skatte er i øvrigt en af verdens største og ældste.

I 2002 åbnede museet en ny del af den permanente udstilling: Danmarkshistorier 1660 - 2000. Udstillingen tegner et historisk og kulturhistorisk billede af danskernes liv gennem 350 år.