Museet består af to firelængede gårde, Nordgaard og Den gl. Museumsgaard. Indgangen til museet er på Nordgaard, hvor man også finder den faste udstilling om den hollandske indvandring på Amager år 1521. På gården er tiden skruet tilbage til 1900-tallet, og man kan således lejlighedsvis opleve en levende amagergård med piger og karle, som rundt omkring udfører traditionelle arbejdsopgaver som dyrepasning, klargøring af grøntsager til torvet og udmugning af stalde. Og de besøgende gæster er velkomne til at give en hånd med.

Den gl. Museumsgaard er fra 1782 og dermed den ældste bevarede gård i St. Magleby. Ruminddelingen er den oprindelige, og indenfor finder man foruden de genskabte interiører en stor dragtsamling og malerier af kendte amagermalere som Julius Exner og Th. Philipsen.

Amagermuseets tilhørende cafe tilbyder forfriskninger og andre lækkerier som for eksempel hjemmebagte boller med Nordgaardens egen marmelade. I museumsbutikken finder man bøger, legetøj og en del af varerne er kopier af museets egne genstande.