I 1696 blev Christianshavns nye kirke indviet, uden det nuværende tårn, alter, orgel og prædikestol. Det var der simpelthen ikke penge til. Vor Frelsers Kirke havde altså kun et midlertidigt tårn indtil 1748. Her kunne Frederik V. overdrage sin hofarkitekt Lauritz de Thurah at tegne nyt spir på kirkens murede tårn. Thurah var en af tidens førende arkitekter. Han havde studeret i Rom, og her havde han set Borrominis snegleformede spir på St. Ivo della Sapienza, en berømt jesuitterkirke i Rom.

Arbejdet med tårnet blev afsluttet i 1752, hvor 50 flådematroser fra Holmen hejsede den forgyldte `Globe og Kristusfigur` op på spiret. Bagefter gik Frederik V. ledsaget af sine ministre op ad spirets sneglegang helt til toppen, mens borgerne jublede og der blev saluteret med 27 kanoner fra kirkepladsen.

I dag sidder et klokkespil med 48 klokker i tårnet, det største som er udført i København i dette århundrede. Der er klokkespil hver hele time fra klokken 9-24, og som et af de sidste steder i landet har kirken en klokkenist, der jævnligt spiller på klokkespillet. Inde i kirken skal specielt alteret bemærkes, det er udført i romersk barok, materialerne er marmor, gips og træ.

Kirken er tegnet af Lambert van Haven, det er en barokkirke, i palladiansk-nederlandsk stil.

Et par årstal fra kirkens historie:
I 1822 - 26: Grundtvig var præst i Vor Frelsers Kirke, hvor han blandt andet skrev 'Den signede dag', som er den mest sungne salme i de danske folkekirker. I 1826 frasiger han sig kjole og krave i protest mod de kirkelige myndigheder - og forlader Vor Frelsers Kirke.
I 1870 blev der indlagt gas og varme i kirken, det kostede 6500 rigsdaler.
En professor og en generalkonsul skænkede penge til alterdugen og et gulvtæppe.
I 1872 bisættes Grundtvig i kirken med flere tusinde deltagere.
I 1912 blev der lagt elektrisk lys ind.
I 1928 blev klokkespillet fuldendt med i alt 45 klokker.
Fra 1936 kunne man høre klokkerne transmitteret ind i kirken.
I 1957: Poul-Gerhard Andersen restaurerer orglet og får facadepiberne til at klinge igen, efter at de har været stumme i næsten 100 år.
I 1981 blev klokkerne udvidet til 48 klokker. De bliver betjent ved et klaviatur og et dataanlæg øverst i tårnet.

Den 18. september 2006 lukkede kirken for at undergå en stor restaurering af kirkens indre. Den omfattende restaurering blev afsluttet i 2009, og 13. september åbnede kirken igen for offentligheden.