
Kirken blev opført i 1400-tallet, men udbrændte under den store brand i København i 1728. Den blev restaureret i 1880, og det forandrede den meget, men der står stadig rester af ydermurene, som stammer helt tilbage fra middelalderen.
Kirken er en del af et størrre anlæg, og i dag kan man stadig se rester af et kloster, der blev grundlagt i 1296. Det sen-gotiske Helligåndshus stammer fra sidste halvdel af af 1400-tallet. Det blev brugt som hospital, og er i dag det eneste middelalderlige hus i København, som er bevaret i sin helhed.